在地球上,四通八达的道路,鳞次栉比的楼宇,还有山川河流、花草虫鱼,等等这一切构成了目前我们人眼所认知的宏观世界。
而如果将宏观世界放大一万倍乃至十万倍,那在我们眼中呈现的将是一个完全不同的“新世界”,生活在这个世界的“土著居民”我们称之为病毒。
MERS-CoV
像我们人类以肤色分为了不同颜色人种,病毒也有种类之分,其主要分为DNA病毒和RNA病毒。
DNA病毒需要突破层层防线最终进入到生物细胞核,然后将自身的遗传物质偷摸地与生物DNA结合,并随之进行转录。
乙型肝炎病毒复制的简化版本:病毒进入细胞后;外膜消融;病毒的环状DNA进入细胞核;创建了CCC-DNA;再转录为RNA;RNA被包装进一个新的衣壳中。产生了新病毒;病毒离开细胞。图源:researchfeatures
而RNA病毒则不需要进入到细胞核,它们只要潜入到细胞中就达到了目的,因为它们可以仿照生物体内的信使RNA来指导自身所需的蛋白酶和几种结构蛋白质进行转录。
比如2019年出现的新型冠状病毒(COVID-19)就属于RNA病毒,这也是所有RNA病毒中最大的一种,这个家族成员还包括著名的SARS病毒、MERS病毒等,它们都属于冠状病毒。
为了对抗这些病毒,我们首先就得要了解它们,但由于我们人眼无法直接看到病毒的真容,所以只能借助电子显微镜。
那么这些病毒在电镜下是一幅什么模样呢?
此前,著名期刊《柳叶刀》上发布了2019新型冠状病毒的电镜高清照片,看上去有点滑腻,表面还有许多圆柱形的突起,其实这也是冠状病毒的名称由来,看上去像是一个个小皇冠。
图源:The lancet
不过,除了这种电镜直出的伪彩色照片之外,还有人通过彩绘将电镜下的病毒画了出来,比如下面这幅冠状病毒的插画。
图源:RCSB蛋白质数据库
这幅图描绘了冠状病毒刚进入肺泡时的情况,在它的周围有呼吸细胞分泌的黏液、抗体和几种小型的免疫系统蛋白。
而病毒则被一圈膜给包裹着,该膜包含S(spike)蛋白、M(membrane)蛋白、E(envelope)蛋白和N(nucleocapsid)蛋白。
其中S蛋白也叫刺突,主要是为了粘附在细胞膜表面并帮助病毒进入到细胞内部;
M蛋白是病毒进入细胞后的又一层伪装,它可以参与内部核蛋白的组织;
E蛋白是一个与病毒出芽有关的膜通道;
在病毒的内部包含着许多拷贝的N蛋白,它们与冠状病毒的基因组RNA所结合。(对应位置如下图)
看完之后,可能有同学会疑惑,这些病毒的结构真的是正确的吗?
这里就不得不说一下这幅画的作者David S.Goodsell,他是一名计算生物学家和科学插画师。
自1月27日开始,Goodsell就开始着手绘制冠状病毒的第一张草图,由于他最看重的还是对科学事实的真实还原,因此,在他创作期间,参照了电子显微镜照片,并借助x射线晶体学、生物计算机模拟等方法,来充分了解病毒分子之间的空间结构和它们彼此之间的关系。
不过目前对于新型冠状病毒的研究资料不是很多,所以Goodsell更多地是参照了SARS病毒。冠状病毒其实有许多共同点,最直观的就是它们的外观,而不同之处在于膜上那几种蛋白,因为它们都具有自身独特的蛋白质结构。
在SARS爆发后,生物学家找出了其中几种蛋白结构,并通过RCSB 蛋白质数据库(PDB)共享了这些结构,于是Goodsell参照这些蛋白质结构开始绘制冠状病毒彩绘。
经过几天的潜心研究,Goodsell 完成了线稿并为之添加了颜色,虽然病毒本身不是彩色的,但鲜艳的色彩能够很好的对它们的结构加以区分。
而且考虑到分子的结构本身已经非常复杂了,为了避免太过“花里胡哨”,Goodsell 尽可能地让绘画风格更加简单:比如呈粉红色的刺突蛋白,呈淡紫色的核衣壳,还有呈淡黄色的黏液背景,堪称病毒中的“曼陀罗”。
除了这幅冠状病毒画作,Goodsell还有许多其他的插画作品,比如他之前绘制的埃博拉病毒横切面结构图。
这幅图描绘了埃博拉病毒的结构,在最外面被一层膜所包裹(粉红色部分),上面散布着许多埃博拉糖蛋白(深绿色部分,看起来就像是生长在膜上的小树)。
图源:wellcomecollection
里面有一层基质蛋白(蓝色部分)在内部支撑着外部的膜,并固定中心的圆柱形核壳(浅绿色部分),这里面就存储着病毒的RNA基因组。
还有各种HIV病毒绘图。
比如下面这幅图显示了正受到免疫系统攻击的HIV(左上方的红色球体),在其表面,小的Y型抗体正与之结合。
以及未成熟的HIV病毒和成熟的HIV病毒。
下图是处于出芽后但未完全成熟的HIV病毒,其中Gag结构蛋白呈浅粉红色,其他病毒蛋白(调控蛋白、辅助蛋白)呈洋红色,RNA呈黄色,细胞蛋白呈蓝色,tRNA呈绿色。
未成熟的hiv病毒
这幅画描绘了成熟的HIV病毒颗粒,包括蓝色的Gag结构蛋白,洋红色病毒酶,绿色的辅助蛋白和黄色的病毒RNA。另外宿主蛋白和tRNA以紫色显示。
成熟的hiv病毒
Goodsell利用彩绘将原本单调灰暗的病毒,变成了一幅幅生动漂亮的画作。
这些画作也受到了广泛好评,并数次登上了著名期刊的封面图,还制成了教育绘本。
甚至还被学术会议直接做成了LOGO:
“逆转录病毒和机会性感染会议”网站(CROI)
说实话,看完这些美丽的病毒绘画不禁在想,如果它们没有这么致命的话,那真的也太美了!(不过好像更多的还是Goodsell画的太好看了)