曾经，他们偶然地、或被裹挟着踏上了学术打假的道路。彼时的高歌猛进充满了激情，有些还遭遇了恐吓。时过境迁，他们还在继续么?
编译 | 周立新
Jennifer Byrne从未想过自己人生的高光时刻是被选入Nature（《自然》）杂志“2017年度十大人物”[1]，而上榜的原因竟是“论文打假”：她的战绩是让Nature撤回了5篇含有基因序列错误的文章。在杂志刊登的照片上，你能从她的脸上看出一种执着的态度：“零容忍”。
Jennifer Byrne
在成为“职业打假斗士”之前，Jennifer Byrne是澳大利亚Westmead儿童医院的一名科研人员，从事癌症基因组学研究。与大多数同事一样，她白天搞科研，晚上陪家人，顺便找找基因组学论文中存在的错误。有“重大发现”的那天晚上，和以往并无任何不同：那是2015年一个普通的星期六，她照例把孩子安顿在客厅里，家人们在看电视，她则坐在房间角落里的电脑前。她灵机一动，想看看自己之前的研究领域现在发展得怎么样，顺手输入了几个领域内的关键词。很多科研工作者都会这么干，但Byrne的领域相对冷门，学术成果也相对少得多。很快，屏幕里跳出来搜索结果，有5篇论文与她之前工作的相似度极高。
想象一下Byrne此刻的心情，惊喜？错愕？疑惑？她认真查看了这几篇论文，它们声称观察到癌细胞中某个基因失活的效应，但她却看到实验中使用的DNA序列甚至是错的。虽说论文也有可能出错，但凭借一名科研人员的直觉，她还是嗅到了不一样的味道——这些文章可能是抄袭。
Byrne呆坐在那里。震惊之余，她心里满满的想不通。大量低劣的图表、拼凑的数据，大段的重复性文字拼凑起来的文章，简直就是“无中生有”，怎么可能就正式发表了？同行评议呢？专家们都干了些什么？一时间，她无法抑制地哭了起来。
后来，她看到Science（《科学》）杂志2013年就已有一篇揭露“论文工厂”的文章[2]，说某些论文其实是交易的商品，一时间五雷轰顶，仿佛所有信念瞬间崩塌。
没过多久，Byrne正式进入科学论文调查领域。
她首先选定了一位合作伙伴Cyril Labbé，是法国格勒诺布尔-阿尔卑斯大学（ University Grenoble Alpes in France）的语言学家。他们开发了一个论文查重程序Seek & Blastn，可以提取论文中提到的核苷酸序列，然后与核苷酸公共数据库进行交叉核对，检查它们是否和文中要标靶的人类基因相匹配，也就是检查作者使用的基因序列是否正确；对于每一个不匹配项再进行人工复核。
http://scigendetection.imag.fr/TPD52/Vb/
他们评估了Gene（《基因》）杂志在2007-2018年间发表的7400篇原创论文，以及Oncology Reports（《肿瘤学报告》）在2014-2018年间发表的3800篇开放获取论文，发现存在核苷酸序列错误的文章分别占2%和12%。随后，他们又对癌症遗传学三个不同领域的600余篇论文开展了分析，发现有25%的论文都存在核苷酸序列错误的问题。[3]
在Byrne心中，这些越来越多的问题不断唤起那个周六晚的感受，最终让她下定决心举报这些情况。
她首先向杂志社举报，希望能够开展调查。
与此同时，Byrne和Labbé一起继续分析了大量的可疑论文，并以共同通讯作者身份于 2016年底在Information Systems Frontiers(《信息系统前沿》)发表了论文 “Striking similarities between publications from China describing single gene knockdown experiments in human cancer cell lines”，不仅细致比较了此前她发现的5篇问题论文中存在的错误及处理结果，还同时曝光了另外48篇高度相似的论文。[4]
这无疑是给学术界扔了一颗雷。
再后来，Byrne从美国研究诚信办公室（US Office of Research Integrity）获得经费，专门聘请了一名全职人员追踪可疑论文。澳大利亚政府也曾经给予她资助。
如今，Byrne已经不再从事实验室研究工作，在她心中里，“打假”的重要性远远大于具体的科研项目，前者可能对科学事业的贡献更大。相对于实验人员几年工作完成一篇论文，“论文作坊”的发表周期是几周，甚至可能是几天。这简直太不可思议，让人没法接受。必须有人站出来维护这个秩序。尽管打击“论文作坊”还需要证据，但有一件事情是明确的：科学离不开信任。
Leon Reteig万万没有想到，自己需要在博士期间更改研究方向，竟然是因为一篇错误的论文。当然，受影响的不仅仅是毕业时间，还有很多难以言尽的、甚至是未可知的方面。
2018年，Leon Reteig正在荷兰阿姆斯特丹大学（University of Amsterdam）攻读博士学位，研究不同刺激对大脑的作用。可是在一次重复同门师兄Heleen Slagter的实验时，始终得不到一致的结果。经过仔细分析，Reteig发现师兄的论文有错，错误很可能来源于数据后期处理：Excel软件在处理数据时，表格中夹带的一个错误代码对原始数据进行了统计学意义上的校正。这个错误虽然很小，但足以令实验结论谬以千里。师兄的实验结果已经在2015年正式发表，现在能做的大概只有联系杂志社撤稿，毕竟否定已有的结论不太好看。为了毕业，Reteig被迫更改了博士论文的研究课题。显然这是一个明智的选择，因为师兄的论文在2021年才完成撤稿，这时，Reteig已经是另外一所大学的博士后了。
如何处理问题稿件，大概也是杂志社或者出版商最头疼的问题。尽管国际出版伦理委员会（Committee on Publication Ethics，简称COPE）建议期刊要对举报人给予回应，但真的落实到具体行为，不同期刊的反应却不尽相同。
在The Scientist杂志发起的一项调查中，Springer Nature, AAAS, PNAS, PLOS, Cell Press，以及 eLife等期刊均表示将严格执行国际出版伦理委员会的要求，愿意接受举报并积极开展调查。的确，像Cell、PNAS和Nature这样的期刊是有专门的工作人员处理举报问题，但在海量的期刊群体面前，这么几本期刊就显得微不足道了。retraction Watch（撤稿观察网
www.retractiondatabase.org）的网站创始人Ivan Oransky总结说，找一些无关痛痒的借口搪塞一下，大概已经算是有回应了，还有更多不讲诚信的杂志社，编辑们往往不作回应，也可能以后会做点什么，但“以后”会很遥远，远到不用指望。惟有retraction Watch将这些故事都记录在案。
没有一个举报者不看重举报结果。Byrne的团队不断和期刊编辑联系，但结果却并不理想。她们一共举报了300余篇论文，涉及International Journal of Clinical and Experimental Medicine（《国际临床与实验医学杂志》），BioMed Research International （《国际生物医学研究》），Biotechnology and Applied Biochemistry（《生物技术与应用生物化学》）等多家期刊，可最终得到的反馈却并不多，不免让人感觉这简直是在浪费政府资源。于是Byrne团队绕过杂志社，直接找到出版商。
英国牛津大学的Hampton Gaddy也采取了类似的做法。
Gaddy注意到Victor Grech这个名字是因为一篇关于1918大流感的文章，他怀疑这篇文章涉嫌抄袭。经过搜索，他发现Grech不仅论文众多而且涉及题材广泛，仅仅是取材于电视节目Star Trek（《星际迷航》）的相关论文就多达30-40篇，甚至还有一篇预测全球将有5亿人死于COVID-19的文章。更令人难以置信的是，所有文章均发表在Early Human Development（《早期人类发展》）上，要知道，这可是一本儿童健康方面的杂志。
Gaddy先是写信给期刊，同时按照网友建议联系了出版商。两天后，他收到了一份来自出版商的回复，感谢他的举报。
根据Retraction Watch的记录，Grech名下的93篇论文，要么被撤回，要么被标注为问题论文。但是，期刊编辑始终没有回应。
如果举报情况属实，对有问题的论文进行处理即可；倘若被举报人不承认造假，事情往往会变得十分棘手。曾有这样一场耗时数年的学术纠纷，堪称经典：
故事的主角是两位心理学领域的研究者，一位是来自哈佛大学的Elizabeth Phelps ，一位是来自比利时鲁汶大学（KU Leuven）的Tom Beckers。
2010年，Phelps在Nature（《自然》）杂志发文，提出一种复杂行为干预法，用以消除一个人对恐惧的记忆。
2015年，Beckers打算重复Phelps的实验。但是，工作刚刚开始就发现了问题：如果按照论文所述的方法筛选样本，可能几轮筛选过后就无样本可取了。那实验结论的可信度在哪里？
顺理成章的，Becker找到 Phelps提出问题，Phelps爽快地提供了详细的实验记录，甚至包括原始数据。几轮沟通下来，Phelps也发现了问题出在哪里：样本数没有问题，只是论文中的筛选方法写错了，应该是任意排除法，而非论文中提到的确定排除法。
为了说明这个问题，Phelps和他的合作者于2018年在Nature发表了一篇补充文章，对2010年论文中的实验情况进行了补充说明。
按理说，故事发展到这里应该结束了，但，并不。
Beckers转身给Cortex（《皮质》）杂志投递了一篇文章，标题即说明此文是针对Phelps 2010论文的一份“核实报告”（a verification report）。
这篇“核实报告”不仅指出样本筛选方法的错误，还给出了重复试验的结果。巧的是，这篇论文在同行专家评审中递到了Phelps手中，同时附送的还有编辑的一篇评述性文章，将Phelps事件上升到科学诚信的高度，称大名鼎鼎的Nature发表这样一篇论文简直荒诞，然后附上若干佐证材料。
Phelps自然十分恼火。在经历了一番复杂的交涉之后，Phelps承认“这不是一篇完美的论文，存在瑕疵”。但是，在写给 The Scientist 杂志的邮件中，他一直申辩说论文中的问题并不算是什么大问题（“there were no more issues with the 2 experiments reported in this paper than other studies.”）[4]。
2020年8月，Beckers的“核实报告”正式发表，掀起新一轮关注。两个月后，Phelps再次发表文章称，经过对2010年实验原始数据的重新分析，他们认为结论有效，算是对Beckers批评的回应。
Beckers团队当然不甘示弱，于2021年7月再度发表文章，提出反驳意见，坚持认为Phelps等人（2010）的实验结果存在严重缺陷。
Beckers和Phelps的缠斗不论多么激烈，双方还是能秉持学术文明，把斗争控制在学术领域内的。但也有些争斗走向了法庭，双方对簿公堂。
Paul Brookes是美国罗切斯特大学（University of Rochester）的一名研究员，长期从事线粒体研究工作，私下里他运营了一个博客名为science-fraud.org，从名字就可以大致看出博客的主题。他匿名在博客上曝光一些数据造假的论文，仅仅6个月就曝光了275篇明显存在问题的论文。
2013年1月2日，一封匿名邮件出现在一些科学家和大学管理人员的邮箱里，罗切斯特大学校长也收到了这封邮件。邮件中披露Brookes是science-fraud.org博客的主人，并称将对他的曝光行为提起法律诉讼。
迫于压力，Brookes最终删除了文章。现在他偶尔会在自己实验室主页上曝光一些问题论文。事实上，Brookes共收到了6次法律诉讼威胁，不过都没有发生过实际的诉讼。
诉讼不仅针对个人，同样也可以针对媒体，PubPeer网站也曾经当过被告。
PubPeer.com是一个可以进行“发表后同行评审”（post-publication peer review）的科学论坛，科研人员注册后可以对已出版的论文发表匿名评论。因此，PubPeer往往会扮演“举报平台”的角色。
2016年，来自美国韦恩州立大学 （ Wayne State University ）的病理学研究员Fazlul Sarkar起诉PubPeer网站，因为论坛上有人匿名指控他学术不端，Sarkar想要获取这些匿名者的实名信息，但他败诉了。
2021年，PubPeer网站披露了法国艾克斯-马赛大学（Aix-Marseille Université）微生物学家Didier Raoult的60多项研究可能存在问题，举报人是著名的职业学术打假人、微生物学家Elisabeth Bik。为此，Bik以及一名共同经营PubPeer网站的神经学科学家被告上法庭，罪名是“勒索”和“骚扰”。
相对来说，举报人被告上法庭的案例数量并不多，但寒蝉效应是巨大的。
当一个科研人员经历过重复实验失败，当他/她发现面对的只是一堆文字、图表堆砌起来的不知道是什么东西的“玩意”，可能会选择举报。但举报大概只是一个热烈的开始，因为学术举报牵涉到研究人员、杂志社、出版商等众多方面，大家的态度随着事件的发展是在不断变化的。
Byrne和她的伙伴是举报人里最勤奋，也是最高产的，他们的记录是标记了712项错误使用的DNA序列。此刻，她的感觉是疲惫。
Reteig的举报虽然很快得到了回应，但他不仅没有放下心来，反而越来越担忧论文错误问题，毕竟还有更多论文都隐藏着类似拼写错误、Excel自动更正基因名称而带来的错误……他希望研究人员在公布研究结果的同时，也能公布原始数据和使用的分析软件等信息。
Gaddy目前正在攻读人口学硕士学位。作为retrction Watch的忠实读者，发现有论文造假的那一刻他显然不能接受。但经历过这一轮举报后，他感到最令人难受的还是那些论文竟然能发表，尤其是新冠疫情期间关于COVID19的假论文让人不能忍。另一方面，他又意识到，论文里的东西太多了，其中大多数内容可能都无关紧要，也产生不了很大的影响。
作为Biomarker Insights（《生物标志物洞察》）杂志的编辑，Byrne着眼于出版业。她认为出版业需要做出一些流程上的调整，譬如说对于已经发表的论文给予更长久的跟踪。
对于众多打算举报的人来说，可能还是Oransky的建议看起来更中肯：举报前请做好受冷落的准备，不要对杂志社报有太多的期待。
似乎是繁华过后的寂寥，又像是狂欢过后的冷静，但这都是经历过之后才有的真实反应。
参考文献
[1] https://www.nature.com/immersive/d41586-017-07763-y/index.html
[2] https://www.science.org/doi/10.1126/science.342.6162.1035
[3] https://www.nature.com/articles/d41586-021-02136-y
[4] https://doi.org/10.1007/s11192-016-2209-6
编译来源：
https://www.the-scientist.com/careers/when-researchers-sound-the-alarm-on-problematic-papers-69086
出品：科普中国
特 别 提 示
1. 进入『返朴』微信公众号底部菜单“精品专栏“，可查阅不同主题系列科普文章。
2. 『返朴』提供按月检索文章功能。关注公众号，回复四位数组成的年份+月份，如“1903”，可获取2019年3月的文章索引，以此类推。
版权说明：欢迎个人转发，任何形式的媒体或机构未经授权，不得转载和摘编。转载授权请在「返朴」微信公众号内联系后台。
扫码下载APP
科普中国APP
科普中国
科普中国
京公网安备11010202008423号