西瓜是雌雄同株异花植物,也就是说每一株西瓜都具有雌、雄两种花卉。在自然状况下,西瓜传播花粉主要靠的是风和昆虫。但是搞杂交制种就不能顺其自然了,所以为了搞好西瓜制种就必须随时将母本植株上的雄花,包括雄花蕾和已经坐住的瓜胎全部掐掉,绝对不能手软。在授粉前两天还要逐株、逐蔓、逐叶腋的检查,看看母本植株上的雄花和花蕾是否全都清干净了。以后每天都要到田间察看,确保整个授粉过程中母本植株中没有雄花开放。
授粉工作应该选在父母本的开花盛期。为了防止自然传粉,每天下午4点以后还要给第二天即将开放的母本的雌花和父本的雄花戴上小帽子。帽子大小要合适,过大容易被风刮走,过小又会损伤花器。杂交制种瓜一般都得比商品瓜晚收那么三到五天。种瓜采收前要将田里没有授粉标记或者标记不清的西瓜全部淘汰,还要剔除畸形瓜、病瓜和烂瓜。收了瓜就该取瓜籽了。
把取出来的瓜籽与瓜肉一块儿放在桶里让它们自然发酵,使瓜籽与瓜肉自动分开。16到18个小时之后,将瓜籽放在清水里漂洗,反复揉搓,把分离出来的瓜肉、秕子和西瓜籽上的粘液全部清除,最后再用清水漂净,沥尽水分,就可以晾晒了。金属制品、水泥地,还有塑料薄膜是不能用来晒种的,因为这些东西被太阳晒了以后温度会变得很高,倘若把种子放上去烫不死也会烫伤的。只有通气良好的床单、帆布、竹筛以及用塑料纱网制成的木筛才是杂交种子晒太阳的好地方。