[科普中国]-黑芥基因组

黑芥（Brassica nigra，又名black mustard），基因组为BB，2n=16，是芸薹属的一个基本种。2016年，中国科学家完成了芥菜和黑芥基因组测序与序列解析，研究结果“The genome sequence of allopolyploid Brassica juncea and analysis of differential homoeolog gene expression influencing selection”发表在国际期刊《Nature Genetics》上。

背景黑芥属于一年生植物，种子常被用作调味品，分布在非洲北部的热带地区、欧洲的温带地区和亚洲的部分地区。

黑芥（B. nigra; BB, 2n = 16）是芸薹属栽培种的三个基本种之一，另外两个是白菜(B. rapa; AA, 2n = 20)和甘蓝(B. oleracea; CC, 2n = 18)。黑芥与白菜远缘杂交多倍化后形成芥菜型油菜(B.juncea; AABB, 2n = 36)，黑芥与甘蓝远缘杂交多倍化后形成埃塞俄比亚芥(B. carinata; BBCC, 2n = 34) ，另外，白菜和甘蓝远缘杂交多倍化后形成甘蓝型油菜(B. napus; AACC, 2n = 38)，,这就是著名的禹氏三角(U, 1935)。

基因组信息测序材料为DH系YZ12151，利用二代测序技术组装黑芥的基因组，基因组大小为591Mb，完整度为68%。预测出来49826个编码蛋白的基因，其中94.7%可以注释到Nr。

应用芥菜和黑芥基因组的测序分析，将为芸薹属作物的系统比较研究提供基础数据，为芥菜类作物的优异基因资源挖掘和农艺性状改良打下基础。2

本词条内容贡献者为:

魏大勇 - 副教授 - 西南大学