窥探生命密码：开源工具eDNA Explorer助力全球生物多样性开放研究

近日，“海洋与湿地”（OceanWetlands）小编注意到，2023年11月28日，美国加利福尼亚大学官网发布了一则新闻。该校的CALeDNA项目推出了一个名叫“eDNA Explorer”的开源工具，为环境DNA项目提供了强大而易于访问的平台。该工具通过分析土壤或水样本中的DNA，揭示了特定地区的生物多样性，成为全球范围内生态学研究的关键工具。

CALeDNA项目的全球影响力涉及从加利福尼亚到卢旺达等地，其研究成果现在可通过eDNA Explorer对公众开放。该工具旨在帮助科学家和公众更好地理解和保护地球上的生态系统，同时提供了一个便捷的协作平台。为助力全球环境治理、为我国学者提供信息供科技与决策参考，编译分享该信息如下，供感兴趣的海湿读者们参阅。

图片来源：eDNA Explorer

CALeDNA简介

eDNA Explorer

CALeDNA（“加利福尼亚大学生物多样性记录项目”的简称）近日推出了一个名叫“eDNA Explorer”的开源工具，成为环境DNA研究的重要平台。该工具通过分析土壤或水样本中的DNA，来揭示特定地区的生物多样性，为全球生态学研究提供支持。由该校生态与进化生物学助理教授瑞秋·梅耶（Rachel Meyer）主导的CALeDNA项目，不仅在加利福尼亚州展开多年的研究，而且远至卢旺达等地，通过eDNA Explorer向公众展示了这些地区的数据。这一工具的设计旨在消除协作障碍，成为科学家和公众更好理解、保护地球生态系统的利器。

eDNA Explorer的推出受到了项目共同创始人之一朱莉·斯坦福（Julie Stanford）的期待，她表示这只是一系列工具中的第一个版本，将揭示生态系统中隐藏的生物，并提供对保护生物多样性的深刻见解。这一工具不仅作为一个协作平台，帮助人们了解稀有物种的分布，还为研究人员提供了比较eDNA数据和传统观察法数据的便利。

该校新闻稿中特别的举了一个例子：一个受欢迎的物种是难以捉摸的非洲斑纹鸮，它在一个eDNA样本中与Glaucidium属的匹配中出现，这是所有小鸮的分类。“非洲斑纹鸮最后一次记录是在1981年，”非洲公园的保护与研究经理Drew Bantlin说。“在2021年，我们录制了多个呼叫，并多次目击到在公园中部的一个排水线中似乎是常驻的该物种个体。从公园南侧找到的DNA表明该物种的分布比之前认为的更广泛。”可见，通过eDNA Explorer，研究人员在数据中发现了非洲斑纹鸮等罕见物种，这种发现，为生物学家提供了更广阔的研究空间。

CALeDNA项目一直依赖于公民科学家的积极参与，而eDNA Explorer被设计成既适用于初学者、又适用于专家。该工具为数据创建了通用格式，将研究人员上传的原始项目序列数据转换为可靠的云端生物名单。尽管eDNA只能在平均两周内降解，但它提供了关于给定区域当前“居民”们的准确了解，成为回答特定问题的有效工具。

尽管科学家指出eDNA数据中存在一些“噪音”，例如洛杉矶河中存在牛的DNA，但随着eDNA Explorer的推出，科学家将更好地学会筛选结果，以快速解决与保护有关的具体问题。瑞秋·梅耶表示，eDNA工具将为人们提供更好的理解和应对生态系统变化的机会。

eDNA Explorer的推出仅仅是第一步，接下来的计划是培训更多的人使用这一工具。瑞秋·梅耶和其他CALeDNA研究人员刚刚从卢旺达的Nyungwe国家公园返回，目前正在南非进行河流调查。当地农民将被邀请加入eDNA Explorer，深入了解他们当地栖息地的生物多样性。在南非今年的洪水中，eDNA将成为一个有用的工具，有助于发现可能有助于河流和相邻土地稳定和恢复的物种。

eDNA Explorer的推出，标志着CALeDNA项目在全球环境DNA研究领域的不断拓展，为科学家和公众提供了一个更清晰的生态视角，为生物多样性保护提供了新的前景。

项目意义

eDNA Explorer作为一个强大的生物多样性研究工具，汇聚了来自世界各地的环境DNA项目。它让初学者和专家都能够使用通用格式探索数据，分析原始项目数据，并将eDNA数据与传统生物监测方法收集的数据进行比较。据介绍，eDNA Explorer的启动，获得了Oceankind的支持。

通过帮助研究人员共享方法和结果，eDNA Explorer旨在消除设计协议和分析数据的障碍。发布方表示，希望这个工具能够增加对eDNA作为更好理解生物世界工具的信任和信心。

学而时习之

思考题

Q1: eDNA Explorer在帮助研究人员共享方法和结果方面发挥了重要作用，你认为这种协作模式对于推动环境DNA研究方法的标准化和提高可重复性有何潜在影响？

Q2: 从传统生物监测方法到eDNA数据的比较，你如何看待这一转变对生物多样性监测的准确性和全球生态系统理解的贡献？在这个过程中可能面临的挑战是什么，以及如何解决这些挑战？

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编译 | 王芊佳

审核 | 绿茵

排版 | 绿叶

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【参考链接】
https://news.ucsc.edu/2023/11/meyer-edna.html
https://www.ednaexplorer.org/