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中华穿山甲（Manis pentadactyla）分布于尼泊尔、锡金、缅甸和越南北部以及我国长江以南地区。因栖息地丧失、过度利用、气候变化等因素，种群处于极度濒危状态，被列入国家一级重点保护野生动物名录，是我国生物多样性保护的旗舰物种。目前，该物种保护遗传学研究局限于云南、广东、台湾等地种群，限制了中华穿山甲的科学保护与管理。

为了解决上述科学问题，江西农业大学保护生物学江西省重点实验室主任魏辅文院士团队收集覆盖中华穿山甲主要分布区的11个省份或地区的94个样本开展基因组重测序分析，发现中华穿山甲可划分为3个主要遗传支系，即MPA，MPB和MPC。其中，MPA分布于青藏高原南部，MPB分布于我国长江以南各省（包括海南和台湾），MPC分布于中南半岛东北部（包括越南和老挝）。

结合样本地理分布信息和物种适宜栖息地分布模拟结果，推断MPA与MPB的地理分界线为横断山脉，MPB与MPC的地理分界线为亚热带与热带分界区。进一步分析发现，MPB支系可进一步划分为两个遗传种群，即分布于云南高原的MPB1和分布于我国其余省份的MPB2。

图1 中华穿山甲采样信息和种群遗传结构

对中华穿山甲种群历史分析发现，种群间的分化主要受到更新世气候波动的影响。主要表现为中华穿山甲共同祖先约在20万年前出现种群瓶颈和分化，此时间点对应更新世倒数第二个冰期，之后在1万6千年前的末次盛冰期出现种群下降和分化，且适宜栖息地面积也显著下降。

另一方面，研究团队综合评估了4个种群的遗传多样性、演化历史、近交水平和演化潜力，并提出了相应的保护管理建议。MPA种群具有最低的遗传多样性、最高的远期近交水平和最高的遗传负荷，表明该种群很可能受到横断山脉高山阻隔，导致种群内部缺乏基因交流，形成孤立种群，具有较高的灭绝风险；而从其他种群引入新个体并不会导致MPA种群的有害变异位点增加，因此建议从其他地区引入新个体来提高MPA种群的演化潜力。

MPB1种群具有最高的遗传多样性、最大的有效种群大小、最小的种群数量下降幅度和最低的近交水平，是中华穿山甲的重要种质资源。MPB2和MPC种群具有最小的有效种群大小、较高的近期近交水平；并且近50年来其有效种群大小出现急剧下降，与该地区人口数量大量增加有关，表明人为活动对其产生了深刻的负面影响，因此针对MPB2和MPC种群，目前的首要任务是加强就地保护，恢复种群数量。

值得一提的是，中华穿山甲种群的有害变异没有显著增加，表明目前采取有效保护管理措施，仍极具希望使该物种种群复壮，保护中华穿山甲为时不晚！

图2 中华穿山甲种群演化历史

该研究系统厘清了中华穿山甲保护遗传单元、种群历史和演化潜力，并提出针对性的保护管理建议，研究结果为中华穿山甲的保护管理提供重要科学指导，服务于中华穿山甲等濒危旗舰物种保护的国家需求。

该研究结果近期以“Conservation genomics of the critically endangered Chinese pangolin”为题在线发表于Science China Life Sciences（《中国科学：生命科学》英文版）。