平顶山学院发布我国传统张良姜单倍型基因组数据，为精准分子设计育种奠定基础

生姜（Zingiber officinale）是一种极具价值的食药两用园艺作物，既为传统中药的重要成分，又是重要的调味料，在我国有悠久的栽培历史。

姜具有多年生宿根，根茎肉质、肥厚，内含多种营养成分，它除了含有蛋白质、碳水化合物、多种维生素和矿物质外，还含有姜辣素、姜油、姜醇等生物活性物质，具有调味、抗癌、抗真菌、抗炎症、抗氧化和抗血小板聚集等用途，是香料家族和药用植物家族的重要成员。尽管姜在世界范围内有显著的经济价值，但由于其有性繁殖困难，基因组庞大、杂合度高，相关的分子生物学和遗传选育工作一直停滞不前。

张良姜栽培基地

近日，Horticulture Research在线发表了平顶山学院植物遗传育种研究组题为“Haplotype-resolved genome assembly and allele specific gene expression of cultivated ginger”的研究论文，解析了我国重要的传统品种单倍型基因组序列，揭示了单倍型基因组间差异，推断了姜高度不育的基因组基础，初步澄清了姜酚（姜辣素）生物合成通路，为后续的功能研究和分子设计育种奠定了重要基础。

生姜和单倍型基因组

该研究以全国首个国家农产品地理标志登记保护的生姜品种（“张良姜”）为研究对象。据记载，自汉代起“张良姜”已有2000多年的种植历史，现保存在河南省平顶山市鲁山县张良镇。此品种有“姜中之王”美称，具有色泽深黄、辛辣芳香、气浓味长、质实丝多、百煮不烂、久贮不腐等优良特性。

该研究利用先进的长读长测序技术，解析了“张良姜”单倍型基因组序列；检测了两个单倍型基因组间的遗传差异，以此推断出与姜高度配子败育率相关的结构变异区；揭示出两套基因组间等位基因表达差异可能与基因顺式调控区、编码区序列差异、转座子的临近效应以及选择压有关；利用基因共表达网络分析，初步解析了姜酚（姜辣素）生物合成相关的基因调控机制。

单倍型染色体之间的基因组进化历史和结构变异

姜辣素的生物合成途径及基因调控网络

本文第一作者是平顶山学院河南省生态经济型木本植物种质创新与利用重点实验室程世平副教授。通讯作者是比利时根特大学教授比利时皇家科学院院士Yves Van de Peer教授和北京林业大学毛建丰副教授。平顶山市农业科学院马爱锄博士、于从文研究员也参与了该项研究。该工作还包含来自瑞典于默奥大学、加拿大拉瓦尔大学、不列颠哥伦比亚大学、根特大学、比勒陀利亚大学和南京农业大学等单位的合作者。该研究得到河南省科技攻关以及平顶山学院高层次人才启动基金等项目的资助。

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41438-021-00599-8

Horticulture Research是由南京农业大学与Springer Nature合作创办的英文期刊，是Nature旗下唯一的园艺领域专刊。主要刊发园艺作物的基础和理论研究。Horticulture Research科睿唯安JCR2020影响因子：6.793，位于园艺一区（第1/37名），植物科学一区（第14/235名），遗传学一区（第20/175名）。2020年中科院期刊分区（基础版）：位于园艺小类一区，植物科学小类一区，遗传学小类一区，农林科学大类一区（Top期刊）。入选中国科技期刊卓越行动计划领军类期刊。