研究人员使用一种算法方法来了解癌症如何改变组蛋白标记物

　　EPFL和UNIL的科学家们在癌细胞上使用了一种新的算法，以获得知识以及组蛋白标记（H3K27ac）的变化和诱导细胞核中染色质区域的重新定位。科学家们还描述了被称为增强子和启动子的调节元素之间局部接触的改动如何影响肿瘤基因的表达。这项研究正试图获得对癌症的新认识以及抗击癌症的潜在方法。

　　癌症是一种极其复杂的疾病，这在一定程度上使得对癌症的研究如此困难。为了获得对癌症的理解，研究人员将注意力集中在基因组上。如果他们能够了解在DNA水平上发生了什么，科学家们希望将来有可能完全治疗和预防癌症。这个项目的研究人员在发生在癌症中的关键基因畸变方面取得了突破性发现。

　　该团队使用一种基于算法的新方法来研究癌细胞如何重组DNA的三维结构，以提高被称为致癌基因的促癌基因的活性。科学家们专注于细胞内DNA包装的四条染色体，以及染色体在细胞核的小范围内是如何组织的。在正常的DNA中，每个细胞携带23条染色体，每条染色体有两个副本。然而，染色体的结构和组织在癌细胞中发生变化。

　　科学家们说，在一个癌细胞中，8号染色体副本的一个片段可以连接到14号染色体副本上。染色体也可以采取更宽松或紧凑的结构，这取决于被称为表观遗传标记的化学修饰。这个项目的科学家们研究了特定表观遗传标记的变化如何改变染色体结构和促进肿瘤生长的基因（称为致癌基因）的表达。

　　该团队使用的遗传算法方法被称为Calder，它用于追踪基因组区域在细胞核内如何相互定位。该团队使用该方法来比较100多个样本中的基因组空间组织。Calder追踪了由于表观遗传标记变化而从细胞核的一个区域 "移动 "到另一个区域的染色质区域。研究小组发现，在淋巴瘤细胞中，特定的表观遗传变化导致染色质区域被重新定位到细胞核的不同区域，导致新的局部相互作用，过度激活致癌基因的表达。